O Centro de Referência é qualquer serviço, departamento ou unidade de saúde, reconhecido como o expoente mais elevado de competência na prestação de cuidados de saúde de qualidade em situações clínicas que exigem recursos técnicos e tecnológicos altamente diferenciados, conhecimento e experiência, devido à baixa prevalência da doença, à complexidade no seu diagnóstico ou tratamento e/ou aos custos elevados da mesma, sendo capaz de conduzir formação pós-graduada e investigação científica nas respetivas áreas médicas.
Como consequência da Diretiva 2011/24/UE, de 9 de março, relativa ao exercício dos direitos dos doentes em matéria de cuidados de saúde transfronteiriços, o Ministério da Saúde, identificou e reconheceu oficialmente serviços hospitalares de elevada especialização, os Centros de Referência. Em Portugal, os Centros de Referência são regulados através da Portaria n.º 194/2014, de 30 de setembro, na sua versão atualizada.
No que concerne à área das Doenças Raras, foram oficialmente reconhecidos pelo Ministério da Saúde Centros de Referência para as seguintes Doenças Raras, cujo acesso se faz através dos seguintes locais:
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